Les commissions et groupes de travail sont créés par une délibération du Conseil ou du Bureau par délégation de ce dernier. Cette dernière fixe leurs règles de composition et de fonctionnement ainsi que leurs missions.
Les commissions ou les groupes de travail sont constitués, d'une part, de membres titulaires et suppléants issus du Conseil et, d'autre part, de personnes choisies en raison de leurs compétences.
Sur la mandature 2022-2027, ont été instituées les commissions spécialisées suivantes :
| Commission spécialisée de la pêche sur DCP
ancrés |
| Commission spécialisée de la pêche aux palangres
pélagiques |
| Commission spécialisée de la pêche démersale |
| Commission spécialisée de la pêche
traditionnelle |
| Commission spécialisée de la pêche à pied |
| Commission spécialisée de valorisation et de
structuration du marché local |
| Commission spécialisée de défense des salariés
et des équipages |
| Commission spécialisée de médiation |
| Commission spécialisée de gestion des litiges |
| Commission spécialisée de réforme, d'innovation
et d'expérimentation |
| Commission spécialisée liée au tourisme bleu |
| Commission spécialisée aux finances et à la
gestion de la trésorerie |
| Commission spécialisée à la coopération
régionale et communautaire |
| Commission spécialisée des pêcheurs retraités |
ainsi que les groupes de travail suivants :
| Groupe de travail relatif à la transition
écologique dans le secteur des pêches maritimes |
| Groupe de travail relatif à la relance de
l'aquaculture marine à La Réunion |
| Groupe de travail relatif au contingentement des
captures en océan Indien |
| Groupe de travail sur la stratégie de long terme pour
l’avenir du bichique à La Réunion |